人類の命運を決する戦争が始まる。その時あなたは、スカイネットの終わりなき猛攻に立ち向かうのか。それとも、増長し自ら破滅に向かう種を根絶やしにするのか。
人類側のレジスタンスメンバーに、存亡をかけた決戦が迫る。スカイネットのセントラルコアは停止したものの、世界各地で2次プロトコルが作動し、人類を破滅へ追いやるべく攻撃を始めている。踏みとどまれ。大切なものを守るために。
スカイネットの軍勢に加わった者に、目的はひとつしかない。システムは損傷し、戦力は壊滅寸前だが、命令は変わらない。人類をせん滅せよ。破壊されたものを再建し、コアを最大限に拡張し、世界に戦いを挑め。
どちらの軍勢になろうとも、戦力の維持は急務となる。インフラを整備して資源を集め、ユニットを動員し、新たな技術を開発せよ。
技術と研究により、一介の歩兵が大きな戦力へと進化する。敵を撃破するには最先端の技術が必要だ。柔軟な研究を可能にする最新技術ツリーをたどり、最新鋭の装備を調達せよ。
軍には適切な指揮統率が不可欠となる。指揮官の洗練されたスキルツリーを駆使し、兵員やユニットの能力を最大限に引き出せ。
人類のレジスタンスは散り散りになり、スカイネットの軍勢は主導権をめぐり内紛を起こしている。本来味方であるはずの勢力が、いつ敵に回るかわからない。軍団を率い、真の味方を見極め、戦場で敵軍を撃滅せよ!