После изменения правил БК, набор очков свелся к тупому убийству Убер-захватчиков.

Как известно, за изучение знания, требующее  десятков миллиардов ресурсов, очков дают меньше, чем за убийство одного Убер-захватчика. Это касается и стройки и обучения воинов.

При этом кланы ставятся в заведомо неравное положение.

Часто складывается ситуация, что в Королевстве соперника не остается ни одного Убер-захватчика, а в "родном" их полно.

Зависит только от количества сильных противников, выпавших на долю одного Королевства.Из-за этого, в Королевстве соперников, на одного Убер-захватчика может приходиться по 2-3 активных игрока. А в "родном", соперник получает всех Уберов в безграничное пользование.

Наверное, спустя год, после введения новых правил БК, уже пора что-то изменить?

Может быть, изменить систему начисления очков.
Может быть изменить количество Уберов.
Может быть, изменить время обновления Уберов.